A 16. század elejéig Kissomlyó fejlődése, hasonlóan a Dunántúl többi településéhez zavartalan volt – eltekintve a tatárjárástól. Az Anjou-kor megszilárdította a közbiztonságot, Magyarország Európa egyik legerősebb és leggazdagabb országának számított.
A környék és általában Kemenesalja török kori múltjáról különböző oklevelekből, a Dömölki Bencés Apátság történetét leíró kötetből1Pacher Donát: Pacher Donát: A dömölki apátság története (A pannonhalmi Szent-Benedek-rend története, tizenkettedik kötet A) és néhány egyéb, előkerült dokumentumból vannak ismereteink.
Az első veszedelem a kemenesaljai falvakra rögtön a mohácsi csatavesztés után érkezett. A Dunántúlon szétszaladó török Győrig pusztított. Vélhetően ez a pusztítás nem kerülte el Kemenesalját sem. Brodarics István püspök mohácsi vészről szóló munkája2Brodarics históriája a mohácsi vészről, Lampel, Budapest, 1903 mindenesetre ezeket a sorokat is tartalmazza: „Miután (a török) a Dunáninnent a leírt módon a Dráva torkolatától Győrig elpusztította, s rémülettel töltötte el még a távoliakat, sőt a bécsieket is…”.
A mohácsi vész után hat évvel indult meg a török Bécs ellen. Pacher Donát két lehetséges útvonalat vázol fel. Az egyik szerint a török Fehérvár felől érkezett és Nemesdömölkön át érkezett Sárvárra, a másik szerint délről, Kanizsa felől közelített, 1532. augusztus 3-án ért Kámhoz, rá két nap múlva egyik seregtestük Mesterinél táboroz, így húzódik fel a sereg Kőszegig. Bármelyik változat is a helytálló, a török kőhajításnyira volt Kissomlyótól. A közeli Sárvár augusztus 11-én még biztonságban volt, de a vár környékén, vidéken pusztított a török. Augusztus 16-án aztán a sárvári várat is megtámadja egy kisebb török alakulat, de a védők a támadást visszaverték. Nehezen hihető, hogy a pusztításból Kemenesalja kimaradt.
A 16. század ötvenes éveire a török hódoltság határa folyamatosan közeledett vidékünk felé, Pacher ennek tulajdonítja, hogy Vas vármegyében már 10 százaléka üres a jobbágytelkeknek. A kiürülésnek persze oka a reformáció terjedése is, hiszen a kemenesaljai települések, amelyek egyházi életére nagy hatással volt a sárvári lutheránus központ, sorra evangélikussá lettek. Pacher ennek hatásának tulajdonítja, hogy a dömölki apátságnak 1553-ra csupán öt jobbágytelke maradt.
Bár Kemenesalja még mindig a hódoltsági területek határán kívül van, de a török támadások időről-időre megismétlődnek. 1584-ben Vas vármegye is kap a török portyákból, 1594-ben pedig, Pápa elfoglalásával egészen közel kerül a török uralom. Az első igazán nagy veszedelem azonban 1596-ban ér ide!
Ennek talán előzménye egy, az 1590-es években keletkezett levél3Benczik Gyula:”… iszonyú böntetis alatt hagyánk és parancsolánk…” A fehérvári szandzsákbég hitlevele a Győrvár és Jánosháza környéki hódolt falvaknak az 1590-es években, amit a fehérvári Ali bég ír több, zalai, kemenesaljai, kemenesháti és a Marcaltól keletre található „falukban lakozók”-nak. A felsorolt települések között szerepel Pálfa, Karakó, Alsó- és Felsőkeresztúr, Jánosháza – és Kissomlyó. A levélben a bég megrója az érintett települések lakóit, hogy az adót neki nem fizették meg, majd azt üzeni: „által intőnk és nagy iszonyú böntetis alatt hagyánk és parancsolunk, hogy semmi okvetetlen, nagy hamarsággal az császár adójával nagy hamarsággal besiessetek”. Hogy a levél hatására fizettek-e őseink, azt nem tudjuk, de 1596-ban olyan pusztítást végzett Kemenesalján a török, hogy a Vas vármegyei 1596. évi protokollum felmenti a vidéket az adózás alól.
Az 1599. évi morvaországi portyáról is Kemenesalján keresztül megy haza a török, de 1600-ban is végigpusztítják a vármegyét.
Vajon hogy élhette meg ezeket a szörnyűségeket a kissomlyói lakosság? Feltehetően erős hittel, hiszen pont 1612-ben találjuk az első ismert adatot a kissomlyói evangélikus lelkészről, Győri – Jaurinus – Jánosról. A falu tehát a 17. század elején élt!
A török világ miatt a kemenesaljai falvak ezután kevésbé szenvedtek, hiszen kívül maradtak a hódoltsági területen. 1640 után azonban az itteni nemesek folyamatos készenlétben álltak, készen arra, ha jön a török. 1538-ban a Kis-Somlyó északi oldalától kőhajításnyira található Köcsköt égették fel az oszmán portyázók.
Az igazi tragédiát azonban 1683-ban nem tudták elkerülni, a törökök 40 kemenesaljai falut égettek fel! Kara Musztafa nagyvezér Bécs ellen induló serege 1683. július 7-én vonult át Kemenesalján és az útjába eső összes települést felégette.
Ez a kemenesaljai dúlás volt az utolsó török csapás. A török sereg vereséget szenved Bécsnél, a török veszély elmúlik.
