Ma Kissomlyón két gyülekezet temploma áll. Egy régi, hányatott sorsú, apró templom, ami a katolikusoké és egy nagy, 1904-ben kibővített újabb templom, ami az evangélikus gyülekezeté. A méretekből akár a gyülekezetek egykori helyi jelentőségére is következtethetünk.
Kissomlyó első, a már akkor is Szent Miklós püspök nevére szentelt templomát az az 1309-es oklevél említi először, amiben a falut is először említi ismert oklevél. Akkor Köcski Sándor, a később Károly Róbert harmadik országbírójaként is működő Héder-nemzetségbeli nemes vett birtokot Kissomlyón és a határjárás részletei között olvashatunk a templomról. Az épületet valamikor az Árpád-korban emelték.
A kissomlyói templom és plébánia vélhetően ugyanúgy élte hétköznapjait a reformáció megjelenéséig, mint minden más plébánia. Akkor azonban gyökeres változások következtek és a katolikusok jó időre eltűntek a faluból.
A lutheri Reformáció nagyon korán, már a 16. század első felében terjedni kezdett Nyugat-Dunántúlon. Sopronban és Kőszegen jelenik meg először, de Nádasdy Tamás sárvári (Újsziget) birtokán is jelentős hatása mutatkozott már a 30-as években. Kemenesalján a század közepe táján kezd az új teológiai irány elterjedni.
A 16. század derekán tehát Kemenesalján egyre több helyen tértek át a gyülekezetek az Ágostai hitvallásra. Katolikus forrás (Ostffy)Asszonyfán 1548-ból említi először az evangélikusokat, de a korán evangélikussá lett Ostffyak más birtokain (Csönge, Hőgyész, Mihályfa, Sömjén, Simonyi) is korán evangélikussá lettek a gyülekezetek. A valaha Kissomlyó és Jánosháza között található Varsány településen is evangélikus lelkészekről maradt fent adat a 16. század közepéről.
A Vas vármegye 1549-es birtokviszonyait közlő könyv1Maksy Ferenc: Magyarország birtokviszonyai a 16. század közepén II. kötet (Magyar Országos levéltár kiadványai, II. Forráskiadványok 16. Budapest 1990) 877. oldal. említi a kissomlyói plébánost, mint birtokost – név nélkül. Ez több dolgot is jelenthet. A birtok feltehetően nem a plébánosé, hanem a plébániáé volt, de jelentheti azt is, hogy plébános már nem is volt, csak birtok. A kor viszonyait ismerve azonban az is lehet, hogy a „plébános” már az ágostai hitvallás szerint prédikált, hiszen az első időkben a hitvallások és az egyházi címek még keveredtek. Az első ismert kissomlyói evangélikus lelkészről az Egyesség Könyve (Formula Concordiae)2Payr Sándor: Egyháztörténeti emlékek, Forrásgyűjtemény (Sopron, 1910), 62. oldal tesz említést 1612-ben. Ezt a fontos, az új hit fő tételeit összegző iratot 1596-tól írták alá az abban foglaltakat elfogadó lelkészek. Már az első években aláírt a két peresztegi, a sitkei, a sótonyi, a sömjéni, két asszonyfai, a gencsi, két varsányi és a bobai lelkész. Kissomlyó környékén tehát a 16. század végén már erős volt az evangélikus jelenlét, így alig maradt katolikus plébánia.
A katolikusok fogyását erősíti meg Pacher Donát, a dömölki bencés apátság történetírója is. Az 1526 utáni időszaktól a katolikus egyház visszaszorulásáról ír. Ennek okai között felsorolja a török támadásokat, de a lutheri reformációt is. Mint írja, „Apátságunkat még más ellenség is gyöngíti: a protestántizmus… Nincs ugyan semmi tudomásunk az apátság elleni támadásról, de kétségtelen, hogy az új hit csak a réginek romjain épülhet föl, hogy az új hitnek terjedése a réginek és intézményeinek visszaszorítása”3Pacher Donát: A dömölki apátság története (Budapest, 1912.) 34-35. oldal. Pacher szerint 1553-ra a dömölki apátságnak csak 5 jobbágytelke maradt.
A katolikus egyház visszaszorulása a török hódoltság (ami Kemenesalját leginkább csak a gyakori betörések miatt érintette) kezdetétől folyamatos. Ezen csak részben változtat az ellenreformáció erősödése, hiszen a többségében kisnemesek lakta Kemenesalját nem érintette a Nádasdyak rekatolizálása. A kemenesaljai falvakban nincsenek katolikus papok és templomok, egyedül a dömölki apátság működik alacsony létszámmal és kevés birtokkal.
A változás nagyon lassan, a 17. század végén indul el. De az evangélikusok ellenállnak az 1681. évi törvényeknek is. A soproni országgyűlésen alkotott 1681. évi XXV. törvény biztosítja a vallásszabadságot a protestánsoknak, a XXVI. pedig elrendeli az artikuláris helyek felállítását. Utóbbi értelmében a protestánsoknak át kellene adniuk templomaikat és iskoláikat a katolikusoknak, ők pedig csak az artikuláris helyeken tarthatnak templomot és iskolát. A kemenesaljaiaknak kijelölt artikuláris hely Nemesdömölk lett – ahol akkor még templom sem volt.
Hogy az evangélikusok nem adták át a templomokat, leginkább két dologból következik. Egyrészt nem nagyon volt kinek, hiszen katolikus papok nem voltak, másrészt erősnek érezték magukat, hogy megvédjék vallási jogaikat. Utóbbiban azért is volt igazuk, mert az ellenreformációt sürgető királyi hatalom a török harcok miatt gyenge volt.
A török háborúk után aztán megerősödik a királyi hatalom és a korábban rekatolizált helyi nagybirtokosok is. Hetyén az akkor már romos állapotban levő, az evangélikusok birtokában álló templomot 1707-ben vették el és építettek a helyén 1718-ra katolikus templomot. Ez azért érintette a kissomlyóiakat is, mert mint majd látjuk, a somlyói katolikusok a közelmúltig Egyházashetyéhez tartoztak. A mindig Kissomlyó filiájaként működött Borgátai gyülekezet is a plébánia által elfoglaltként szerepel az 1725-ös, a kemenesaljai esperesség által készített kimutatásban. Utóbbinak oka lehetett, hogy a falu birtokosai, a Batthyány-család is rekatolizált korábban.
A nagyobb fordulat a Carolina resolutio 1731-es kihirdetését követően jött el. III. Károly rendelete szigorú szabályokat hozott az evangélikusokra és megerősítette az evangélikusok artikuláris helyekre szorítását.
Pacher egyenesen azt írja, hogy „A kemenesaljai katholikusság pedig egyenesen a királyság erejével áll talpra”4Pacher Donát: A dömölki apátság története (Budapest, 1912.) 91. oldal. 1731 tavaszán megjelent királyi rendelet szerint Kemenesalján az evangélikus lelkészek és papok csak akkor maradhatnak falvaikban, ha lemondanak tisztségükről.
A vármegye ezután egy tíz főből álló bizottságot állított fel Orossz Pál vasvári prépost vezetésével, hogy megszerezzék a kemenesaljai evangélikus templomokat és iskolákat. Már az első ilyen kísérlet is kudarcba fulladt. Aztán a többi is. Tizennyolc falut jártak be Kemenesalján és mindenhol kudarcot vallottak. Pacher kiemel néhány falut, ahol különösen harciasan fogadták a rekvirálókat, ezek között Kissomlyót is említi. Hozzáteszi még, hogy Kissomlyón Molnár István esküdtet egy asszony meg is ütötte5Pacher Donát: A dömölki apátság története (Budapest, 1912.) 95.oldal.
A vármegyei rendelet végrehajtóit az addigi kudarcok csak időlegesen vetették vissza, így Rosti alispán vezetésével és katonai segítséggel sorra elfoglalták a templomokat. Kissomlyón 1731. augusztus 6-án.
Kissomlyón azonban nem alakult önálló plébánia, vélhetően azért, mert akkor a faluban katolikusok nem voltak. A kissomlyói templom így a hetyei plébániához került, az anyakönyvezés is ott történt egészen a közelmúltig. A hetyei anyakönyv bejegyzéseiben a 18. század vége felé tűnnek fel nagyobb számban kissomlyóiak.
A kissomlyói templom azonban állt és katolikus kézben volt, előtte egy haranglábban egy kis harang. A templommal egészen az 1780-as évekig érdemleges nem történt. Nincsenek feljegyzések arról, hogy volt-e rendszeresen mise, hogy volt-e bármilyen egyházi élet a kauzális alkalmakon kívül.
A templomot a rekatolizálás előtt, 1728-ban újították fel, a következő nagyobb építési munka ideje 1789-ben jött el. Ekkor már állt az evangélikusok új, türelmi rendelet után épült temploma is. A katolikus templom tehát 1789-ben kapott harangtornyot és egyből vélhetően egy harangot is bele. Utóbbi azért valószínű, mert a templom előtt álló haranglábban lakó, az evangélikus gyülekezet újraalakulása után közösen használt harangot az evangélikusok 1789-ben 25 forintért megváltották és az evangélikus iskola előtti haranglábba költöztették.
A templomhoz 1822-ben sekrestyét építettek, 1834-ben pedig a régi kazettás mennyezetet fiókos dongaboltozatra cserélték.
Az idők során a katolikusok aránya a faluban egyre nőtt. Az első komolyabb betelepülés a faluban működő majorokba költöztetett cselédségnek köszönhető. Még a II. világháború előtt is az volt a helyzet, hogy míg a falu birtokosai döntően evangélikusok voltak, addig a katolikusok létszámának javát a majorsági cselédek alkották.
1880-ban 281 katolikus jutott a 354 evangélikusra, 1949-re azonban már a katolikusok voltak többen, 323-an a 306 evangélikusra6Magyarország településeinek vallási adatai 1880–1949 II. kötet (Budapest, 1997) 346. oldal. Utóbbi adat alakulásában persze segített, hogy az evangélikus birtokosok közül több családot kitelepítettek, vagy a falu elhagyására kényszerítettek.
A II. világháború alatt, a Kissomlyón és környékén zajló harcokban és fosztogatásokban érintett volt a kissomlyói templom is. Magyar János hetyei esperes-plébános 1945. május 16-i, püspökének írt jelentésében7Rétfalvi Balázs – Tangl Balázs (szerk.): „Az Úr irgalma hogy nem vesztünk el.” A Szombathelyi Egyházmegye második világháborús kárjelentései 1944-1948 – Géfin Gyula Kiskönyvtár 4. (Szombathely, 2017) 262. oldal arról írt, hogy a kissomlyói templomot feltörték, de nagyobb kár nincs. A szentségházat törték fel, de az oltáriszentséget már előtte kimenekítetták, abban nem keletkezett kár. A plébános a templom reconciliatióját (a megszentségtelenítés utáni eljárás) elvégezte. Levelében arról is ír, hogy Kissomlyón 2 gyermek aknarobbanás áldozata lett, illetve Kissomlyón is nagyobb számban történtek atricitások nőkkel szemben.
Ugyanő 1946. február 1-én kelt levelében8Rétfalvi Balázs – Tangl Balázs (szerk.): „Az Úr irgalma hogy nem vesztünk el.” A Szombathelyi Egyházmegye második világháborús kárjelentései 1944-1948 – Géfin Gyula Kiskönyvtár 4. (Szombathely, 2017) 265. oldal összesíti a károkat. Eszerint a présházat feltörték, ezzel 7000 pengő kárt okoztak, valamint feltörték a dukai és kissomlyói katolikus iskolákat, a szemléltető eszközöket elvitték, ezzel 2000 pengő kárt okoztak. Más károk (vélhetően ez a szovjetek bűne) között említi, hogy a kissomlyói templom sekrestyefiókját és perselyét feltörték, néhány ablakát kitörték, a kár 1500 pengő. Ugyancsak említi, hogy kissomlyó egyházközség pénztárából 3000 pengő tűnt el. Ahhoz képest, hogy első levelében csekély károkról számolt be, ez nem tűnik annak.
A falu felekezeti arányai mára még inkább a katolikus többség irányába tolódtak el. A 2011-es népszámláláskor a falu lakosságának majd fele vallotta magát katolikusnak és csak alig negyede evangélikusnak. Ennek persze nem más volt az oka, mint az, hogy a birtokos evangélikus családok tagjai az elmúlt 60-70 évben elköltöztek, vagy meghaltak, a helyükre költözők pedig katolikusok voltak.
A kissomlyói katolikusok ma már nem az egyházashetyei plébániához, hanem néhány éves jánosházi kapcsolat után a hosszúperesztegi plébániához tartoznak.