Kissomlyó korai vallási múltjáról édeskevés adatunk maradt meg. A település régebbi temploma az Árpád-korban épült, 16. század közepétől evangélikus, majd 1731-től katolikus.
István király egyik fontos, a keresztyénséget államvallássá kényszerítő rendelkezéseinek leghíresebbje a templomok építésének elrendelése. Az államalapító király úgy rendelkezett, hogy tíz-tíz falu építsen templomot és a misére járást is kötelezővé tette. Ebben a korban tehát vélhetően hasonló templomépítési hullámot tapasztalhattak, mint Kemenesalján a türelmi rendelet után.
A kissomlyói templomot először 1309-ben említi ismert oklevél1Publikálva: Kristó Gyula: Anjou–kori Oklevéltár. II. 1306-1310. (Budapest–Szeged, 1992.). Ekkor adták el Hethyesomlyai Imre fiai, István és Mihály Köcski Sándornak kissomlyó birtokukat. A vasvári káptalan által kiadott oklevél határjárás leírását is tartalmazza és ebben említik a Szent Miklós nevére szentelt templomot.
Ez a templom ma is áll, a mai falu szélén egy magaslaton, ma a katolikusok használják. Körülötte a temető, amit a két felekezet – evangélikusok és katolikusok – együtt használnak.
A templom román stílusban épült, egyhajós, keletelt tájolású, szentélye nyolcszög záródású. A 14. században az épületet gótikus stílusban bővítették. A későbbi felújítások során befalazott román és gótikus nyílásokat fedeztek fel és megtalálták a korábban lebontott támpilléres falak alapjának maradványait is. Előkerült több faragott kő- és oszlopmaradvány is. A 18. században a templomot barokk stílusban átépítik. A torony 1789-ben épült, majd 1822-ben sekrestyével bővült az épület. A régi fakazettás mennyezetet 1834-ben fiókos dongaboltozat váltja.
A Reformáció idején, a 16. században a település lakossága a lutheri teológiát követte. Hogy pontosan mikor, arra nincs adatunk, de feltehetően az 1500-as évek második felében, amikor Kemenesalja többi települése is. Sok, a település múltjával foglalkozó írás – nyilván a legtöbb valamelyik másiktól vette az adatot – azt írja, hogy a kissomlyói plébánost 1549-ben említi először írás. Az évszám egyetlen forrása Maksay Ferenc 16. századi birtokviszonyokat részletező munkájának 2. kötete2Maksay Ferenc: Magyarország birtokviszonyai a 16. század közepén II. kötet (Magyar Országos Levéltár kiadványai, II. Forráskiadványok 16. Budapest, 1990). Ez a kissomlyói birtokosok között felsorolja a „Kissomlyói plébános”-t. Tehát nem XY plébánost említ, hanem csak a tisztséget, feltehetően a birtok a plébániához tartozott. Igen ám, de vajon a plébános még a római teológia szerint hirdette Isten igéjét, vagy már a lutheri szerint? A 16. század közepén még nem vált el a két felekezet, de tudjuk, hogy Sárváron már a lutheri teológia az uralkodó, akkorra már kinyomtatta Sylvester János Újtestamentumát. Tudjuk azt is, hogy a szomszédos, akkor a környék központjaként ismert Varsányban a század közepén már a lutheri reformáció volt az irányadó. Könnyen lehet tehát, hogy a kissomlyói „plébános” már nem imádkozott Máriához!
1612-es az az irat, amiben Győri – Jaurinus – Jánost már mint kissomlyói evangélikus lelkészt említik3Ego Joannes Jaurinus in Kis Somlyó fateor me Confess. Augustanam sincera fide, absque omni hypocrisi ampleeti 1612. . Utána azonban sorjáznak a nevek. Rumi István, Egri Márton, Magyari Mihály (vélhetően a Pázmánnyal hitvitázó sárvári lelkész, Magyari István leszármazotta), Fűztői Benedek, Csurgó György. A reformáció azonban nem csupán a lelki életet újította meg, hiszen az evangélikus gyülekezetek mindenhol iskolákat is alapítottak. Hogy Kissomlyón is így volt, arra bizonyíték, hogy Fűztői Benedeket tanítóból választották lelkésznek.
A 17. század második felében felerősödik Magyarországon az ellenreformáció. A protestánsokon egyre nagyobb a nyomás, a protestáns főúri családok nyomásra vagy előnyökért rekatolizálnak és erre kényszerítik jobbágyaikat is. A kemenesaljai evangélikus gyülekezetek mellől eltűnik a Nádasdy-birtokok evangélikussága. Az 1671-1681 közötti időszakot a protestánsok „gyászévtized”-nek hívják. Az uralkodóház a protestánsokat törvényen kívülinek nyilvánítja, megengedett velük szemben az erőszak. 1673-74-ben több mint 700 protestáns (evangélikus és református) lelkészt és tanítót idézett be a pozsonyi vésztörvényszék, hitük megtagadását követelve. Akik ezt nem tették meg, azokat fej- és jószágvesztéssel fenyegették. Sokan valóban megtagadták hitüket, mások inkább a külföldre távozást választották. A legmakacsabbul kitartókat valóban halálra ítélték, de holland és német nyomásra az ítéleteket gályarabságra változtatták. A gályarabokat – már akik túlélték a megpróbáltatásokat –, a holland de Ruyter admirális szabadította ki. 1674-ben Magyari Mihály kissomlyói lelkészt is idézték, ő azonban nem ment el Pozssonyba, inkább önkéntes számüzetésbe vonult a Kis-Somlyóra. Nemes Kozáry István gondoskodott róla tíz évig.
A soproni országgyűlés aztán a vészkorszak lezárásául megalkotta az 1681. évi XXV. törvénycikket, ami a vallásszabadságról rendelkezett. Fura vallásszabadság volt ez. A részleteket a következő törvénycikk, az 1681. évi XXVI. törvénycikk mondja el. A két törvénycikk megadta a protestánsoknak a vallásgyakorlás jogát, de vármegyénként csak két templomban. Iskolát is csak ezeken a helyeken építhettek. Ezek voltak az ún. artikuláris helyek. Vas vármegye keleti fele a nemesdömölki artikuláris helyhez tartozott41. § A miképen az ország minden megyéjében ezt meg is engedték és jelesül Vasmegyében azok részére, kik az ágostai hitvallást követik, Demőkön és Nemes-Csón, a helvét vallásu lakosok részére pedig Felső-Őrön. (XXVI. törvénycikk). De a kását annak idején sem ették olyan forrón!
A kemenesaljai gyülekezetek sokáig kitartottak. Nem adták át templomaikat és iskoláikat, a hitélet a településeken látszólag zavartalanul folyt. A Habsburg hatalom akkor még a törökkel hadakozott, Magyarország területe csatatérré vált, így a protestánsok jogfosztása másodlagos feladattá vált. A török hódoltság végül teljesen csak 1718-ban szűnt meg a történelmi Magyarország területén.
Miután az államhatalom megerősödött, folytatódtak a protestáns ellenes intézkedések. III. Károly 1731-ben adta ki a Carolina resolutiot a protestáns egyházi viszonyok szabályozására. Ekkor már volt elég ereje a hatalomnak, hogy akaratát ki is kényszerítse, így elindult az evangélikus gyülekezetek elfoglalása – katonai erővel támogatva. A kissomlyói templomot Kis Zsigmondnak, az 1783-ban újjáalakult gyülekezet első lelkészének az anyakönyvbe írt bejegyzése szerint 1731. augusztus 6-án vették el az evangélikusoktól, elűzve az akkori lelkészt, Horváth Mihályt. Ez a dátum azonban feltehetően téves, hiszen a templomok elfoglalására alakult bizottság 1732-ben alakult. Paher Donát, a kiscelli apátság történetírója szerint első körben mindenhol ellenálltak az evangélikusok, sőt Kissomlyón egy asszony meg is ütötte a bizottság egyik tagját! A helyes dátum tehát feltehetően 1732. augusztus 6.
A kissomlyóiak számára is ez azt jelentette, hogy rekatolizálnak, vagy minden egyházi aktust a nemesdömölki templomban és lelkészi hivatalban intéznek. A többség ez utóbbit választotta, erről tanúskodnak a nemesdömölki, 1731-ben nyitott anyakönyvek. Hogy ebben az időben a kemenesaljai evangélikus gyülekezetek együtt maradtak, nagy szerepe volt az olyan módosabb családoknak, mint a dukai Takács, az alsókáldi Káldy és a hetyei Berzsenyi.
Meg kell még említeni, hogy hiába a templom és az egyházi javak elfoglalása, azóta sem volt önálló plébánia Kissomlyón, a település kezdetben talán néhány fős katolikus lakosságát mindig más faluban élő plébános látta el.
Az evangélikusok jogfosztása 1781-ig tartott, II. József türelmi rendeletéig.
